台北市原住民具投票資格約五、六千名，分散在四百五十六個里內，但投開票所原民票人數過少，導致如同記名投票，市長柯文哲指示民政局在下次選舉，應密封原住民選票並集中開票。台北市選委會說，中央首長選舉可三、四個里一起投票，克服此問題，但如在地里長、市議員等地方選舉，難以分割，已向中央建議修法。
台北市原住民委員會主委陳秀惠說，多年來，北市原住民人口不多，十二選區的各里投票，原住民只有兩、三票，很容易被認出票是投給哪位候選人、或是誰沒有去投票，根本形同「公開投票」，一點都不受尊重，不公平、也不符合秘密原則，造成投票率偏低，無法選出理想候選人，可說是違憲。
市長盼下次選舉 集中投票
陳秀惠說，市長了解問題後，希望在下次市長選舉前，研擬改善狀況，若將原住民朋友全部集中到北市某處投票，可能因路程降低投票意願；若在原居住處所投票、將票彌封在信封內，集中到一處開票，較可行、也能改善狀況。
